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        對(duì)微生物組學(xué)國(guó)家數(shù)據(jù)管理的召集
        
			
        
				2018-12-29 10:57:28
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			  來(lái)源：
			
        
		
        
				
		
        
			
        大量數(shù)據(jù)需要基礎(chǔ)設(shè)施以便于訪問(wèn)使用的方式管理和存儲(chǔ)信息。雖然技術(shù)已經(jīng)擴(kuò)大到允許研究人員對(duì)環(huán)境中的微生物群落進(jìn)行排序和注釋(其“微生物組”)，但是在不斷增加的規(guī)模上，數(shù)據(jù)管理方面尚未并行開發(fā)。
        

        對(duì)微生物組學(xué)國(guó)家數(shù)據(jù)管理的召集
        

        在論文發(fā)表在網(wǎng)上2016可以16 趨勢(shì)微生物學(xué)，從能源聯(lián)合基因組研究所(DOE JGI)，一個(gè)美國(guó)能源部科學(xué)辦公室的用戶設(shè)施美國(guó)能源部的研究人員，要求形成了國(guó)家微生物組數(shù)據(jù)中心的高效管理全局累積的數(shù)據(jù)集。通過(guò)整合和利用所有可用的微生物組數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)，研究人員可以進(jìn)行更大規(guī)模的比較分析，以應(yīng)對(duì)與能源，環(huán)??境，健康和農(nóng)業(yè)相關(guān)的全球挑戰(zhàn)。
        

        “現(xiàn)在是開始了解地球微生物群的最大努力的時(shí)候了，”能源部JGI原核生物超級(jí)項(xiàng)目負(fù)責(zé)人兼該研究的第一作者Nikos Kyrpides說(shuō)。“生物序列數(shù)據(jù)應(yīng)被視為生物系統(tǒng)研究的工具，類似于天文望遠(yuǎn)鏡和高能物理的粒子加速器。”
        

        國(guó)家微生物組倡議的補(bǔ)充
        

        及時(shí)的出版物補(bǔ)充了白宮推出的國(guó)家微生物組計(jì)劃，該計(jì)劃的重點(diǎn)是比較生態(tài)系統(tǒng)中的微生物群落，以確定塑造所有微生物組的“組織原則”。該團(tuán)隊(duì)寫道，國(guó)家微生物組數(shù)據(jù)中心將“組織，處理和提供所有可用的環(huán)境基因組數(shù)據(jù)”。
        

        Kyrpides和他的同事們發(fā)現(xiàn)了與近視相關(guān)的微生物組研究中的三個(gè)瓶頸：缺乏從“一次性”微生物組數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)向更具凝聚力的集合的宏偉愿景; 缺乏機(jī)構(gòu)間資金模式; 有限的國(guó)際數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)阻礙了全球研究界有效開展比較分析的能力。已有多種大型數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)可供幫助，包括由DOE JGI科學(xué)家運(yùn)行的綜合微生物基因組(IMG)系統(tǒng)和基因組在線數(shù)據(jù)庫(kù)(GOLD)系統(tǒng)。這些資源允許研究人員分別訪問(wèn)和分析公開可用的組裝微生物和微生物組數(shù)據(jù)和元數(shù)據(jù)。此外，美國(guó)能源部JGI與該機(jī)構(gòu)合作國(guó)家能源研究科學(xué)計(jì)算中心(NERSC)在高性能計(jì)算環(huán)境中運(yùn)行，并支持不斷增長(zhǎng)的社區(qū)需求。
        

        作為微生物研究量表的大視野
        

        Kyrpides說(shuō)：“在支持從大數(shù)據(jù)(即跨研究)中提取知識(shí)的適當(dāng)資金方面，缺乏宏偉的愿景。” “此外，非常缺乏對(duì)無(wú)數(shù)微生物組樣本進(jìn)行背景化所需的參考數(shù)據(jù)。這些數(shù)據(jù)是解釋微生物組如何發(fā)揮作用以及它們?nèi)绾卧谒鼈兯幼〉沫h(huán)境和宿主中相互作用的基礎(chǔ)。對(duì)微生物及其環(huán)境進(jìn)行系統(tǒng)解碼以填補(bǔ)我們數(shù)據(jù)庫(kù)中的空白，這是邁向假設(shè)驅(qū)動(dòng)科學(xué)和更好地了解微生物生命的關(guān)鍵一步。“
        

        美國(guó)能源部已在啟動(dòng)人類基因組計(jì)劃承擔(dān)大規(guī)模的項(xiàng)目，從第一粒子加速器的作用的傳統(tǒng)，和DOE JGI并不陌生微生物的研究，報(bào)告微生物群落的第一基因組特征早在在過(guò)去十年中，微生物組研究規(guī)模不斷擴(kuò)大，涉及白蟻后腸，牛瘤胃，墨西哥灣食油微生物群，草原土壤和永久凍土等項(xiàng)目。。通過(guò)社區(qū)科學(xué)計(jì)劃，與DOE JGI 合作開發(fā)了最大的氧氣最小區(qū)域數(shù)據(jù)集，以及被描述為病毒生態(tài)學(xué)界的“唯一系統(tǒng)和定量準(zhǔn)備的數(shù)據(jù)集”
        
			

			
          
        
			
        
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