基因編輯變得更容易
一個國際研究團隊通過簡化其復雜的實施,使CRISPR技術更易于獲取和標準化。更簡單,更快速的CRISPR,發(fā)表在Nature Communications雜志上,為現(xiàn)成的基因組工程提供了廣泛的平臺,可以降低這種強大技術的進入門檻。
“CRISPR技術可被編程到目標遺傳密碼的特定序列,并在精確的位置進行編輯的DNA,從而使研究科學家永久修改基因在活細胞和模式生物游覽在實驗室基因功能,包括與人類疾病相關的基因, “共同第一作者David Marciano博士說,他是貝勒醫(yī)學院Olivier Lichtarge實驗室的講師。
“這些技術允許核糖核蛋白復合物以特定序列切割DNA,該序列與復合物中的指導RNA堿基配對。核酸/蛋白質復合物的模塊化允許研究人員指定指導RNA序列以幾乎任何序列靶向。提高研究人員編輯DNA的能力,“聯(lián)合第一作者,VIB-KU魯汶微生物學中心Jan Michiels實驗室的博士后科學家Toon Swings博士說。
然而,這種方法提出了一些挑戰(zhàn),例如對可靶向序列的限制,脫靶效應的可能性以及對每種靶基因的獨特指導RNA的要求。Marciano,Swings和他們的同事建立了一個國際合作,導致了一個簡單的解決方案,可以解決所有這些問題。
“Toon和我有一系列項目,我們必須為大腸桿菌中的不同基因構建許多突變和指導RNA。我們意識到如果我們只針對一個普遍的目標,我們就不需要為每個基因提供新的指導RNA在基因敲除收集中發(fā)現(xiàn)的序列。我們靶向的序列存在于許多具有醫(yī)學重要性的細菌的遺傳收集中,甚至在一些果蠅收集中,“Marciano說。
研究人員使用稱為Keio集合的大腸桿菌克隆文庫。該集合中的每個克隆都有一個基因被卡那霉素抗性基因取代。該系列于2006年通過日本慶應大學和美國普渡大學之間的國際合作提供。
“我們最終通過瞄準收集卡那霉素盒子兩側的兩個FRT網(wǎng)站來重新利用這一寶貴的資源。這很好地解決了,因為它給你兩次切割,這很難逃脫,”Swings說。
他們的方法避免了CRISPR的某些技術方面,并使其成為基因工程的現(xiàn)成成分。它消除了設計和克隆指導RNA的需要,并簡化了構建救援模板的策略。此外,Keio系列可以在全球各地的實驗室中找到,個別克隆可以從集中式遺傳庫存中心以象征性的費用獲得。
這項新的研究還顯示它有可能的目標是必不可少的生活基因介紹了該方法的廣泛用途,做一個大集合與不同突變的生物在單一染色體基因和新序列追加到的基因,所有在基因的自然環(huán)境中。該方法應補充現(xiàn)有的大腸桿菌基因工程技術。
“除了大腸桿菌之外,許多模式生物都有基因替換或插入的集合,可以用類似的方式通過單一指導RNA進行靶向,”Swings說。“我們希望我們的工作為各種基因工程方法提供廣闊的平臺。”
“這是細菌遺傳學的一個很好的例子。這是CRISPR首次被發(fā)現(xiàn)的地方,現(xiàn)在再一次,不同的細菌技術可能使它更有用,”相應的作者,分子Cullen主席Olivier Lichtarge博士說。人類遺傳學,貝勒醫(yī)學院生物化學與分子生物學和藥理學教授。Lichtarge也是Baylor的Dan L Duncan綜合癌癥中心的成員。
“基于CRISPR技術的開發(fā)平臺對于許多微生物學研究人員來說將是有價值的,這使得他們能夠對其感興趣的基因進行快速單核苷酸編輯或生成染色體突變體集合,這是了解基因功能的第一步,”相應的作者說。 Jan Michiels博士,VIB-KU魯汶微生物中心組織負責人,魯汶大學生物化學和分子微生物學教授。
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