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        用于靶向蛋白質(zhì)組學(xué) 用于瀏覽公共質(zhì)譜數(shù)據(jù)的插件
        
			
        
				2019-01-12 10:18:34
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        生物學(xué)家經(jīng)常在一系列蛋白質(zhì)相互作用，網(wǎng)絡(luò)和途徑中設(shè)想他們的假設(shè)。反過來，他們的實(shí)驗(yàn)可能集中于測量這些蛋白質(zhì)的明確子集，對(duì)應(yīng)于靶向蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)。然而，迄今為止，設(shè)計(jì)靶向蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)非常耗時(shí)，并且通常僅由質(zhì)譜專家進(jìn)行。
        

        用于靶向蛋白質(zhì)組學(xué) 用于瀏覽公共質(zhì)譜數(shù)據(jù)的插件
        

        許多出版物已經(jīng)接受了改進(jìn)蛋白質(zhì)測定設(shè)計(jì)的挑戰(zhàn)。他們的建議很大程度上依賴于使用先前確定的肽/光譜匹配的方法，并且用于蛋白質(zhì)組學(xué)的幾個(gè)大型串聯(lián)質(zhì)譜數(shù)據(jù)庫。但他們提出的方法通常是從質(zhì)譜角度出發(fā)，沒有更高階的生物背景。
        

        為了應(yīng)對(duì)這一挑戰(zhàn)，一篇新論文描述了一種探索公共質(zhì)譜數(shù)據(jù)的軟件插件。“生物多樣性插件”是為受歡迎的Skyline工具開發(fā)的，由PNNL的Michael G. Degan和Samuel H. Payne以及德克薩斯大學(xué)的同事領(lǐng)導(dǎo)的團(tuán)隊(duì)開展工作。新插件的主要目標(biāo)是幫助用戶識(shí)別解決其假設(shè)的數(shù)據(jù)。這是通過以直觀的以路徑為中心的可視化呈現(xiàn)數(shù)據(jù)來實(shí)現(xiàn)的。
        

        生物多樣性插件預(yù)先包裝了來自人類蛋白質(zhì)組草案的數(shù)據(jù)，以及來自PNNL生物多樣性庫的數(shù)據(jù)，該數(shù)據(jù)庫是112種細(xì)菌和古細(xì)菌中的300萬種肽(230,000種蛋白質(zhì))。在用戶識(shí)別出相關(guān)數(shù)據(jù)后，該插件將該數(shù)據(jù)無縫導(dǎo)入Skyline，這是用于化驗(yàn)設(shè)計(jì)和數(shù)據(jù)分析的社區(qū)標(biāo)準(zhǔn)工具。該插件可以使用個(gè)人數(shù)據(jù)進(jìn)行自定義，然后可以瀏覽并導(dǎo)入到Skyline中。
        
			

			
          
        
			
        
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